中國科學(xué)院水生生物研究所（以下簡稱水生所）是從事內(nèi)陸水體生命過程、生態(tài)環(huán)境保護與生物資源利用研究的綜合性學(xué)術(shù)研究機構(gòu)，其前身是1930年1月在南京成立的國立中央研究院自然歷史博物館，1934年7月改名為中央研究院動植物研究所，1944年5月又分建成動物研究所和植物研究所。中國科學(xué)院成立以后，于1950年2月將國立中央研究院動物研究所、北平研究院動物學(xué)研究所、國立中央研究院植物研究所藻類部門合并，組建中國科學(xué)院水生生物研究所，所址上海，1954年9月遷至武漢。2011年水生所整體進入中國科學(xué)院“創(chuàng)新2020”試點工程。2015年被認定為中國科學(xué)院“率先行動”計劃特色研究所。

水生所戰(zhàn)略定位和發(fā)展目標(biāo)是，面向國家在水生態(tài)環(huán)境保護、水生生物資源利用等方面的重大戰(zhàn)略需求，圍繞內(nèi)陸水體生命過程、生態(tài)環(huán)境保護與生物資源利用領(lǐng)域的基礎(chǔ)性、戰(zhàn)略性和前瞻性重大科技問題，著力重大理論創(chuàng)新和核心技術(shù)突破，強化創(chuàng)新價值鏈的延伸，在水環(huán)境保護、淡水漁業(yè)和微藻生物技術(shù)領(lǐng)域發(fā)揮引領(lǐng)示范作用。

水生所先后擁有15位中國科學(xué)院院士。全所現(xiàn)有在職職工332人，其中科技人員275人，中國科學(xué)院院士5人，發(fā)展中國家科學(xué)院院士3人，研究員及正高職稱人員81人，副研究員及副高職稱人員100人。

目前水生所設(shè)有水生生物多樣性與資源保護研究中心、淡水生態(tài)學(xué)研究中心、魚類生物學(xué)及漁業(yè)生物技術(shù)研究中心、水環(huán)境工程研究中心、水生生物分子與細胞生物學(xué)研究中心和藻類生物學(xué)及應(yīng)用研究中心等6個研究中心、共計65個學(xué)科組；擁有淡水生態(tài)與生物技術(shù)國家重點實驗室、國家淡水漁業(yè)工程技術(shù)研究中心、國家水生生物種質(zhì)資源庫、湖泊水污染治理與生態(tài)修復(fù)技術(shù)國家工程實驗室，農(nóng)業(yè)部淡水養(yǎng)殖病害防治重點實驗室、農(nóng)業(yè)部鯽魚遺傳育種中心，中科院水生生物多樣性與保護重點實驗室、中科院藻類生物學(xué)重點實驗室，湖北省水體生態(tài)工程技術(shù)研究中心、湖北省稻田綜合養(yǎng)殖工程技術(shù)研究中心、湖北省水生植物資源與利用工程技術(shù)研究中心、湖北省水產(chǎn)動物營養(yǎng)與飼料工程技術(shù)研究中心，武漢市水環(huán)境工程研究中心等國家及省部級重點實驗室與研究中心。擁有亞洲最大的淡水魚類博物館和淡水藻種庫，世界上唯一以鯨類動物保護和研究為目的的水族館——白鱀豚館。擁有湖北東湖湖泊生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學(xué)觀測站、三峽水庫香溪河生態(tài)系統(tǒng)實驗站、長江上游珍稀特有魚類保護及赤水河河流生態(tài)觀測試驗站（建設(shè)中），藻類生物技術(shù)與生物能源研發(fā)中心、淮安研究中心等共建機構(gòu)及分析測試中心平臺。

水生所自成立以來共有200項成果獲得獎勵，出版著作165部，發(fā)表論文8301篇。近年來，本所科學(xué)家領(lǐng)銜主持了一大批包括國家重大科技專項、國家重點研發(fā)計劃項目、國家基礎(chǔ)性專項、國家自然科學(xué)基金、中科院先導(dǎo)專項、地方及大型企業(yè)等各類項目經(jīng)費支持，形成一批在理論上有重大突破或在應(yīng)用上有廣闊前景的研究成果。近5年來，我所發(fā)表論文2183篇，其中SCI收錄1385篇。申請專利204項，獲得授權(quán)107項，出版著作11部，獲得省部級以上獎勵6項，桂建芳院士獲得2015年湖北省科學(xué)技術(shù)突出貢獻獎。一些重要技術(shù)創(chuàng)新或技術(shù)集成獲得成功并在應(yīng)用中日臻成熟，對于我國水環(huán)境保護和漁業(yè)可持續(xù)發(fā)展起到了顯著的推動作用。這些科研產(chǎn)出，在魚類分子系統(tǒng)發(fā)育和進化、藻類生物學(xué)研究、魚類遺傳育種學(xué)、淡水生態(tài)學(xué)、水環(huán)境工程學(xué)和保護生物學(xué)等方面回答了一系列前沿科學(xué)問題，滿足了國家在水污染治理和發(fā)展生態(tài)漁業(yè)方面的重大需求，取得了重大經(jīng)濟效益，產(chǎn)生了廣泛的社會影響。

水生所注重發(fā)揮水生生物學(xué)科技“國家隊”的作用，積極促進地方科技事業(yè)，參與地方經(jīng)濟建設(shè)，取得了一系列成績。以國家淡水漁業(yè)工程技術(shù)研究中心（武漢）、農(nóng)業(yè)部鯽魚遺傳育種中心為依托，促進了漁業(yè)模式和環(huán)保飼料等成果轉(zhuǎn)化，指導(dǎo)建設(shè)了一大批國家級和省級的水產(chǎn)原良種場。以湖北省和武漢市水環(huán)境工程技術(shù)研究中心為依托，推動了我所一批水環(huán)境治理方面的核心技術(shù)向全國輻射和轉(zhuǎn)化。面向企業(yè)和地方需求，依托藻類生物技術(shù)與生物能源研發(fā)中心、淮安研究中心等共建機構(gòu)，開展相關(guān)技術(shù)研發(fā)，為企業(yè)發(fā)展和地方生態(tài)文明建設(shè)服務(wù)。

水生所對外合作與交流活動頻繁。近10年來，先后派出科技人員近800人次到近30個國家和地區(qū)進行合作研究、進修或短期訪問，同時接待了來自近40個國家和地區(qū)的專家2200多人次進行學(xué)術(shù)交流、合作或進修。研究所作為核心成員加入大的國際合作研究計劃，如美國的“Tree of Life”研究計劃，還發(fā)起和引領(lǐng)多邊國際合作，如淡水豚類聯(lián)合調(diào)查項目、主辦“水環(huán)境保護與水污染治理”國際培訓(xùn)班，“海峽兩岸人工濕地研討會”、“第十屆世界華人魚蝦營養(yǎng)學(xué)術(shù)研討會”、“第七屆亞太藻類論壇”等。

水生所是國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)的首批博士、碩士學(xué)位授予權(quán)單位，設(shè)有水生生物學(xué)、遺傳學(xué)、環(huán)境科學(xué)、水產(chǎn)養(yǎng)殖學(xué)、海洋生物學(xué)等5個二級學(xué)科博士研究生培養(yǎng)點；動物學(xué)、水生生物學(xué)、遺傳學(xué)、環(huán)境科學(xué)、環(huán)境工程學(xué)、水產(chǎn)養(yǎng)殖等6個二級學(xué)科碩士研究生培養(yǎng)點；生物與醫(yī)藥、資源與環(huán)境2個工程碩士研究生培養(yǎng)點；設(shè)有生物學(xué)、環(huán)境科學(xué)與工程2個專業(yè)博士后流動站。在學(xué)研究生575人（碩士生264人，博士生311人），在站博士后86人。