水體內(nèi)源污染也能造成黑臭水體，內(nèi)源污染一般為水體底泥釋放污染和外源污染物輸入水體沉淀后對水體造成的污染。當(dāng)水體被污染后，部分污染物日積月累，通過沉降作用或隨顆粒物吸附作用進入到水體底泥中。在一定的水體條件下，污染物，比如氨氮從底泥中釋放會對水體造成二次污染。同時，污染物在一定條件下轉(zhuǎn)化生成的氣體（如甲烷，氮氣）也會導(dǎo)致水體底泥上浮，從而導(dǎo)致水體變黑臭。這種內(nèi)源污染一般通過清理底泥和沿岸垃圾進行處理。
為了減少積存水底的大量有機/無機營養(yǎng)物質(zhì)和有害物質(zhì)，減少內(nèi)源性污染。根據(jù)河道具體情況采取不同的清淤方式。