| 姓 名： | 楊云鋒 |
| 所在單位： | 生態(tài)學教研所 |
| 職 稱： | 正高級 |
| 郵寄地址： | 清華大學環(huán)境學院 |
| 辦公電話： | 010- 62784692 |
| 電子郵件： | yangyf@tsinghua.edu.cn |
| 辦公地點： | 環(huán)境節(jié)能樓925室 |
教育背景
1996. 8 – 2003. 1 美國Albert Einstein College of Medicine生物專業(yè)，博士
2000. 1 – 2002. 5 美國City University of New York計算機專業(yè)，碩士 (第二學位)
1991. 9 – 1996. 7 中國科大生物系，學士
工作履歷
2011.01-現在 清華大學環(huán)境學院，教授
2010.09-2011.01 清華大學環(huán)境科學與工程系，教授
2006.03-2010.09 美國橡樹嶺國家實驗室生命科學部，研究員（staff scientist）
2006.08-2009.12 美國DENISON 大學，兼職教授（part-time professor）
2003.02-2006.03 美國橡樹嶺國家實驗室環(huán)境科學部，博士后
教學：
本科課程Course BIOL325: Genetics (2007-2009)
本科課程Course BIOL201: Cell and Molecular Biology (2006)
學術兼職
Applied and Environmental Microbiology 雜志編委（2012-至今）
美國能源部 SBIR/STTR 項目評審（2007-2010）
International Journal of Functional Informatics and Personalised Medicine 雜志編委（2007-2009）
研究領域
科學類（70%）
1. 與全球氣候變化相關的環(huán)境微生物群落結構、多樣性、功能的解析和調控
2. 生物功能基因網絡的構建和解析
工程類 （30%）
1. 應用環(huán)境微生物的油氣礦藏勘探新技術
2. 污水、固廢處理處置的微生物過程研究
3. 生物能源、污染場地生物修復的微生物資源開發(fā)和基因工程改造
研究概況
近年主持或者參與主持的科研項目：
1. 凍土帶天然氣水合物微生物勘查技術子課題（中國科技部863項目，2012-2015）
2. 環(huán)境多因子對溫帶草原土壤微生物群落結構的影響（國家基金委面上項目，2012-2015）
3. 基于宏基因組學技術的工程系統(tǒng)微生物群落特征研究（國家重點實驗室自主項目，2011-2013）
4.能源部生物能源中心梭菌遺傳工程項目（美國能源部GTL項目, 2007 – 2012)
5. 楊樹–微生物相互作用項目，分離微生物和遺傳工程開發(fā)子課題（美國能源部GTL項目2009 – 2012）
6. 土壤微生物分布、轉移過程中細胞膠結的定量分析子課題 (美國能源部ERSP exploratory項目2010 – 2011)
7.對重金屬污染的地下水中分離和篩選功能微生物項目，分離微生物子課題（美國能源部ERSP項目，2007 – 2010）
8. 系統(tǒng)生物學方法理解植物抗旱性機理項目，功能基因組學分析和生物網絡構建子課題（美國橡樹嶺國家實驗室LDRD項目，2007 – 2010）
9. 合成氣-醇類轉換細菌的遺傳工程開發(fā)（美國橡樹嶺國家實驗室LDRD項目，2007 – 2010）
10. 食品生產過程中檢測沙門氏菌的新型技術（Mars, Inc. 資助項目和美國橡樹嶺國家實驗室Seed money項目2009 – 2010）
11. Shewanella Federation 還原金屬分子機制子課題（美國能源部GTL項目，2006 – 2008）
12. 生物能源梭菌的遺傳工程開發(fā)（美國橡樹嶺國家實驗室Seed money項目, 2006 – 2007）
學術成果
發(fā)表文章：
近五年論文引用次數300余次，H指數為11。
1. Y. Deng, Y. Jiang, Y. Yang, Z. He, F. Luo and J. Zhou (2012), Molecular Ecological Network Analyses BMC Bioinformatics 2012, 13:113
2. Y. Li, T. Tschaplinski, N. Engle, C. Hamilton, M. Rodriguez, J. Liao, C. Schadt, A. Guss, Y. Yang and D. Graham (2012), Combined inactivation of the Clostridium cellulolyticum lactate and malate dehydrogenase genes substantially increases ethanol yield from cellulose and switchgrass fermentations, Biotechnology for Biofuels 5:2
2.J. Zhou, L. Wu, Y. Deng, X. Zhi, Y. Jiang, Q. Tu, J. Xie, J. D. Van Nostrand, Z. He and Y. Yang (2011), Reproducibility and Quantitation of Amplicon Sequencing-based Detection. ISME J 5: 1303-1313
3.W. Higashide, Y. Li, Y. Yang and J. Liao (2011), Metabolic Engineering of Clostridium cellulolyticum for Production of Isobutanol from Cellulose, Applied and Environmental Microbiology 77(8): 2727-2733
4.J. Zhou, Y. Deng, F. Luo, Z. He and Y. Yang (2011) Phylogenetic Molecular Ecological Network of Soil Microbial Communities in Response to Elevated CO2, mBio 2(4): e00122-11
5.Y. Yang, L. A. McCue, A. B. Parsons, S. Feng and J. Zhou (2010), Thetricarboxylic acid cycle in Shewanella oneidensis is independent of Fur and RyhB control. BMC Microbiology 10:264
6.C. Hemme, Y. Yang, J. Zhou et al., Sequencing of Multiple Clostridial Genomes Related to Biomass Conversion and Biofuel Production (2010). J. Bacteriol. 192(24): 6494-6496
7.H. Gao, S. Barua, Y. Liang, L. Wu, Y. Dong, S. Reed, J. Chen, D. Culley, D. Kennedy, Y. Yang, Z. He, K. Nealson, J. Fredrickson, J. Tiedje, M. Romine, J. Zhou (2010), Impacts of Shewanella oneidensis c-type cytochromes on aerobic and anaerobic respiration, Microbial Biotechnology 3(4): 455-466
8.X. Zhang, Z. Zhang, Z. Zhu, N. Sathitsuksanoh, Y. Yang and P. Zhang (2009), A Highly-Active Family 48 Cellobiohydrolase from Clostridium phytofermentansISDg: Heterologous Expression in Escherichia coli and Bacillus subtilis, Characterization, and Processivity. Appl. Microbiol. Biotechnol 86(2):525-533
9.Y. Yang, D. P. Harris, F. Luo, W. Xiong, M. Joachimiak, L. Wu, P. Dehal, J. Jacobsen, Z. Yang, A. V. Palumbo, A. P. Arkin and J. Zhou (2009), Snapshot of Iron Response in Shewanella oneidensis by Gene Network Reconstruction, BMC Genomics 10:131
10.Y. Yang (2009) Use of Genomic DNA as Reference in DNA Microarrays, Methods Molecular Biology, Vol. 544, chapter 29.
11.Y. Yang, M. Zhu, L. Wu and J. Zhou (2008) Assessment of Data Processing to Improve Reliability of Microarray Experiments Using Genomic DNA Reference, BMC Genomics 9(S2):S5.
12.Y. Yang, D. P. Harris, F. Luo, L. Wu, A. B. Parsons, A. V. Palumbo and J. Zhou (2008) Physiological and Transcriptomic Analyses to Characterize the Function of Fur and Iron Response in Shewanella oneidensis, BMC Genomics 9(S1):S11.
13.F. Luo, Y. Yang, J. Zhong, H. Gao, L. Khan, D. K. Thompson and J. Zhou (2007) Constructing Gene Co-expression Networks and Predicting Functions of Unknown Genes by Random Matrix Theory, BMC Bioinformatics 8:299. (co-first author)
14.F. Luo, Y. Yang, C. Chen, R. Chang, J. Zhou and R. Scheuermann (2007) Modular Organization of Protein Interaction Networks, Bioinformatics 23(2):207-214.
15.M. Zhu, Q. Wu, Y. Yang and J. Zhou (2006) A New Approach to Identify Functional Modules Using Random Matrix Theory, Annual IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology 1:117-123.
16.F. Luo, J. Zhong, Y. Yang, R. Scheuermann and J. Zhou (2006) Application of Random Matrix Theory to Biological Networks Physics Letter A 357(6): 420-423.
17.F. Luo, J. Zhong, Y. Yang and J. Zhou (2006) Application of random matrix theory to microarray data for discovering functional gene modules, Physical Review E. 73, 031924.
18.S. D. Brown, M. Martin, S. Deshpande, S. Seal, K. Huang, E. Alm, Y. Yang, L. Wu, T. Yan, X. Liu, A. Arkin, K. Chourey, J. Zhou and D. K. Thompson (2006) Cellular Response of Shewanella oneidensis to Strontium Stress, Applied and Environmental Microbiology 72(1), 890-900.
19.Y. Yang and U. T. Meier (2003) Genetic interaction between a chaperone of small nucleolarribonucleoprotein particles and cytosolic serine hydroxymethyltransferase, Journal of Biological Chemistry 278(26), 23553-23560.
20.Y. Yang, C. Isaac, C. Wang, F. Dragon, V. Pogacic& U. T. Meier (2000) Conserved composition of mammalian box H/ACA and box C/D small nucleolarribonucleoprotein particles and their interaction with the common factor Nopp140, Molecular Biology of the Cell 11, 567-577.
21.C. Isaac, Y. Yang& U. T. Meier (1998) Nopp140 functions as a molecular link between the nucleolus and coiled bodies, Journal of Cell Biology 142, 319-329.
申請專利、注冊軟件：
美國專利appln. No. 12/233,806 Methods for targeted mutagenesis in biomass-degrading bacteria.第一發(fā)明人
美國專利appln. No. 61/150,097 Transformation of Gram Positive Bacteria by Sonoporation.第一發(fā)明人
