歷經(jīng)80多年的發(fā)展，南京水科院已發(fā)展成為擁有50多個具有鮮明特色和優(yōu)勢的專業(yè)研究方向、在國內(nèi)外具有重要影響的水利科研機構(gòu)�，F(xiàn)設(shè)水文水資源研究所、水工水力學研究所、河流海岸研究所、巖土工程研究所、材料結(jié)構(gòu)研究所、大壩安全與管理研究所、水利部農(nóng)村電氣化研究所、水利部南京水利水文自動化研究所、農(nóng)村水利研究所、生態(tài)環(huán)境研究所、海洋資源利用研究中心等研究機構(gòu)和南京瑞迪建設(shè)科技有限公司等研發(fā)機構(gòu)。建有水文水資源與水利工程科學國家重點實驗室和國家級國際聯(lián)合研究中心，以及水利、交通、能源行業(yè)9個部級重點實驗室、技術(shù)研發(fā)中心、工程技術(shù)研究中心。承辦并定期公開出版8種學術(shù)期刊（包含英文期刊）。建有院本部科研及科技創(chuàng)新基地、鐵心橋水科學與水工程實驗基地、滁州水文實驗基地和國家防汛抗旱總指揮部辦公室防洪演練基地、杭州農(nóng)村電氣化與再生能源研發(fā)基地、當涂科學試驗及科技開發(fā)基地、無錫河湖治理研究基地。

南京水科院秉承“勤奮、嚴謹、求實、創(chuàng)新”的科研精神，堅持“科學、規(guī)范、誠信、卓越”的質(zhì)量方針，組織開展重大科學技術(shù)問題研究，取得了一大批重要研究成果，以黃文熙院士、嚴愷院士、竇國仁院士、沈珠江院士、張建云院士、胡亞安院士等為代表的科技工作者為我國的水利、交通、能源的建設(shè)做出了重要貢獻。自1978年全國科技大會至2023年底，南京水科院獲得國家和省部級科技進步獎885項，其中國家級獎勵84項。出版專著585部，獲國家發(fā)明和實用新型專利1661項。

全院現(xiàn)有科研人員1300余人，其中中國工程院院士2名、英國皇家工程院外籍院士1名，國家有突出貢獻中青年專家、“國家特支計劃”百千萬工程領(lǐng)軍人才等國家和部省級人才90余名，具有高級以上職稱700多人，是國家創(chuàng)新人才培養(yǎng)示范基地，榮獲“全國專業(yè)技術(shù)人才先進集體”稱號。南京水科院是國家首批相關(guān)學科博士、碩士學位授予權(quán)單位，現(xiàn)有水利工程、土木工程一級學科博士點和碩士點，材料科學與工程、環(huán)境科學與工程一級學科碩士點，土木水利博士和碩士專業(yè)學位點，并設(shè)有水利工程博士后科研流動站。

南京水科院已與80多個國家和地區(qū)的高等院校和科研院所建立了良好合作關(guān)系并擁有直接進出口權(quán)。