南京水利科學(xué)研究院建于1935年，原名中央水工試驗(yàn)所，是我國(guó)最早成立的綜合性水利、交通、能源科學(xué)研究機(jī)構(gòu)；2001年被確定為國(guó)家級(jí)社會(huì)公益類非營(yíng)利性科研機(jī)構(gòu)。主要從事基礎(chǔ)理論、應(yīng)用基礎(chǔ)研究和高新技術(shù)開發(fā)，承擔(dān)水利、交通、能源等領(lǐng)域中具有前瞻性、基礎(chǔ)性和關(guān)鍵性的科學(xué)研究任務(wù)，與水利部大壩安全管理中心（水利部水閘安全管理中心）一體化管理，兼作水利部應(yīng)對(duì)氣候變化研究中心、水利部基本建設(shè)工程質(zhì)量檢測(cè)中心、水利部水文儀器及巖土工程儀器質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)測(cè)試中心、水利部大壩安全監(jiān)測(cè)中心。

歷經(jīng)80多年的發(fā)展，南京水科院已發(fā)展成為擁有50多個(gè)具有鮮明特色和優(yōu)勢(shì)的專業(yè)研究方向、在國(guó)內(nèi)外具有重要影響的水利科研機(jī)構(gòu)�，F(xiàn)設(shè)水文水資源研究所、水工水力學(xué)研究所、河流海岸研究所、巖土工程研究所、材料結(jié)構(gòu)研究所、大壩安全與管理研究所、水利部農(nóng)村電氣化研究所、水利部南京水利水文自動(dòng)化研究所、農(nóng)村水利研究所、生態(tài)環(huán)境研究所、海洋資源利用研究中心等研究機(jī)構(gòu)和南京瑞迪建設(shè)科技有限公司等研發(fā)機(jī)構(gòu)。建有水文水資源與水利工程科學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和國(guó)家級(jí)國(guó)際聯(lián)合研究中心，以及水利、交通、能源行業(yè)9個(gè)部級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、技術(shù)研發(fā)中心、工程技術(shù)研究中心。承辦并定期公開出版8種學(xué)術(shù)期刊（包含英文期刊）。建有院本部科研及科技創(chuàng)新基地、鐵心橋水科學(xué)與水工程實(shí)驗(yàn)基地、滁州水文實(shí)驗(yàn)基地和國(guó)家防汛抗旱總指揮部辦公室防洪演練基地、杭州農(nóng)村電氣化與再生能源研發(fā)基地、當(dāng)涂科學(xué)試驗(yàn)及科技開發(fā)基地、無(wú)錫河湖治理研究基地。

南京水科院秉承“勤奮、嚴(yán)謹(jǐn)、求實(shí)、創(chuàng)新”的科研精神，堅(jiān)持“科學(xué)、規(guī)范、誠(chéng)信、卓越”的質(zhì)量方針，組織開展重大科學(xué)技術(shù)問題研究，取得了一大批重要研究成果，以黃文熙院士、嚴(yán)愷院士、竇國(guó)仁院士、沈珠江院士、張建云院士、胡亞安院士等為代表的科技工作者為我國(guó)的水利、交通、能源的建設(shè)做出了重要貢獻(xiàn)。自1978年全國(guó)科技大會(huì)至2021年底，南京水科院獲得國(guó)家和省部級(jí)科技進(jìn)步獎(jiǎng)793項(xiàng)，其中國(guó)家級(jí)獎(jiǎng)勵(lì)84項(xiàng)。出版專著535部，獲國(guó)家發(fā)明和實(shí)用新型專利1139項(xiàng)。

全院現(xiàn)有科研人員1300余人，其中中國(guó)工程院院士2名、英國(guó)皇家工程院外籍院士1名，國(guó)家有突出貢獻(xiàn)中青年專家、“國(guó)家特支計(jì)劃”百千萬(wàn)工程領(lǐng)軍人才等國(guó)家和部省級(jí)人才90余名，具有高級(jí)以上職稱700多人，是國(guó)家創(chuàng)新人才培養(yǎng)示范基地，榮獲“全國(guó)專業(yè)技術(shù)人才先進(jìn)集體”稱號(hào)。南京水科院是國(guó)家首批相關(guān)學(xué)科博士、碩士學(xué)位授予權(quán)單位，現(xiàn)有水利工程、土木工程一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)和碩士點(diǎn)，材料科學(xué)與工程、環(huán)境科學(xué)與工程一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)，土木水利博士和碩士專業(yè)學(xué)位點(diǎn)，并設(shè)有水利工程博士后科研流動(dòng)站。

南京水科院已與80多個(gè)國(guó)家和地區(qū)的高等院校和科研院所建立了良好合作關(guān)系并擁有直接進(jìn)出口權(quán)。