環(huán)科院下設生態(tài)文明與綠色發(fā)展研究所、環(huán)境政策規(guī)劃與標準研究所、水環(huán)境研究所、大氣環(huán)境研究所、土壤環(huán)境研究所、環(huán)境風險與損害鑒定評估研究所、環(huán)境信息研究所（生態(tài)環(huán)境數(shù)據(jù)治理中心）、排污許可與清潔生產(chǎn)研究中心、農(nóng)村環(huán)境保護研究中心、環(huán)境檢測中心等10個研究所（中心），及1個產(chǎn)學研平臺-廣東環(huán)科院環(huán)境科技有限公司。環(huán)科院建成了廣東省城鎮(zhèn)污水深度處理與資源化利用技術工程技術研究中心、廣東省環(huán)境保護大氣環(huán)境管理與政策模擬重點實驗室、廣東省污染場地環(huán)境管理與修復重點實驗室，擁有廣東省環(huán)境管理標準化委員會、廣東省區(qū)域大氣環(huán)境質(zhì)量科學研究中心、廣州中英低碳合作研究中心等多個區(qū)域性環(huán)境研究與技術服務平臺。

環(huán)科院始終堅持“科技興院、人才強院”的戰(zhàn)略，經(jīng)過12年的發(fā)展，目前在職員工近300人，員工平均年齡33歲，高工及以上職稱人員共54名（教授級高工6名，高級工程師48名），約占專業(yè)技術人員的22%，工程師及以上職稱人員127人，約占專業(yè)技術人員的51.8%；博士26名，碩士147名，碩士及以上學歷員工占專業(yè)技術人員總數(shù)的70.6%，其中，畢業(yè)于國內(nèi)985、211及雙一流大學的員工約占專業(yè)技術人員的60%，基本建成了一支整體素質(zhì)較高，年富力強、朝氣蓬勃、團結(jié)協(xié)作、勇于創(chuàng)新的環(huán)保生態(tài)科技鐵軍。