1997年，根據(jù)市委、市政府提出的“舟山發(fā)展水為先，大陸引水是根本”的戰(zhàn)略決策，組建舟山市大陸引水工程辦公室，負責實施大陸引水工程。2001年9月，舟山市水務局成立（同時保留舟山市大陸引水工程辦公室牌子），為市政府負責水務工作的直屬縣處級事業(yè)單位。同時，成立舟山市水務集團有限公司，注冊資本一億元，屬國有獨資企業(yè)，與市水務局兩塊牌子一套班子，主要負責統(tǒng)一管理原水、城市制水、城市供水、城市給水、城市污水處理，以及城市供水的水源工程、供水設施和城市污水處理的規(guī)劃、建設和管理；承擔授權(quán)范圍內(nèi)國有資產(chǎn)的經(jīng)營管理，確保國有資產(chǎn)的安全運行和保值增值。另單獨設立舟山市節(jié)約用水辦公室，負責城市節(jié)約用水工作。

2010年，根據(jù)《舟山市人民政府機構(gòu)改革方案》（舟委辦〔2010〕97號）和《舟山市水務體制調(diào)整總體方案》（舟政辦函〔2012〕83號）精神，撤銷市水務局，保留市水務集團有限公司，將水務行政管理職責劃交市水利水務圍墾局承擔。市水務集團為市政府直屬國有獨資企業(yè)，按現(xiàn)代企業(yè)制度進行運作，行業(yè)管理歸口市水利水務圍墾局，國有資產(chǎn)由市國資委管理。同時保留市大陸引水工程辦公室，大陸引水工程工作由市水務集團承擔。另將市節(jié)約用水辦公室調(diào)整到市水利水務圍墾局，設立舟山市節(jié)約用水管理中心，在市節(jié)約用水辦公室指導下，受委托承擔節(jié)水具體工作。市水務集團內(nèi)設“六部二室”，分別為辦公室、黨群工作部、工程技術部、投資發(fā)展部、運營管理部、計劃財務部、安全生產(chǎn)部和紀檢監(jiān)察內(nèi)審室（籌）。

市水務集團下轄舟山開源供水有限責任公司和市污水處理有限公司兩家國有控股公司，注冊資本分別為6000萬元和500萬元，市原水管理中心為科級自收自支全民事業(yè)單位，與舟山開源供水有限責任公司兩塊牌子一套班子，參股舟山市自來水有限公司。