排水公司現(xiàn)設(shè)行政辦公室、黨群工作部、企業(yè)管理部、安全生產(chǎn)部、人力資源部、計劃財務部、工程技術(shù)部7個部門和管線養(yǎng)護管理中心、閘站運行管理中心、設(shè)施維修保障中心3個基層單位。

    排水公司作為排水設(shè)施專業(yè)維護單位，承擔著南京主城區(qū)排水設(shè)施的維護管養(yǎng)、城市防汛排澇、部分排水工程建設(shè)等工作。主要負責江心洲、城北、城東、仙林、鐵北、橋北6大片區(qū)污水收集系統(tǒng)的污水管網(wǎng)、內(nèi)秦淮河截流溝等排水管道的運行維護管理工作。負責污水泵站、雨污合流泵站、雨水泵站以及市管水閘等排水設(shè)施的運行維護管理工作。負責包括中山北路、中央路、中山東路、中山南路、江東中路等主次干道的雨水管道的運行維護和防汛排澇搶險工作。負責排水管網(wǎng)、泵站、閘門的大修及專項工程項目、應急搶險搶修項目的實施工作。負責工程代建委托與管理，工程建設(shè)安全、質(zhì)量及進度等監(jiān)督檢查，工程結(jié)算管理，組織竣工驗收及移交以及負責處理相關(guān)的12345、12319市政熱線投訴等工作。

    排水公司目前管養(yǎng)的各類雨污水管道共961.77公里，其中雨水（合流）管150.33公里；引水管17.26公里；污水管道794.18公里。負責運行主城區(qū)52座雨污水泵站，包含雨水泵站14座，污水泵站35座，引水泵站3座。