MBR運(yùn)行和維護(hù)的參數(shù)包括：

• 膜方面：通量、壓力、透過率、回收率、濃水、膜曝氣率或錯流速度，物理和化學(xué)清洗周期和方案；
• 生物處理方面：水力和污泥停留時間，污泥回流率。

生物工藝參數(shù)和傳統(tǒng)的活性污泥（CAS）法沒有什么不同，但膜生物反應(yīng)器能夠使活性污泥的停留時間更長。

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膜通量（通常用J表示）是指單位時間內(nèi)通過單位膜面積的物質(zhì)的量，國際標(biāo)準(zhǔn)單位為m3/(m2.s)或簡化為m/s，其它非國際標(biāo)準(zhǔn)單位包括L/(m2.h)(或LMH), 英制單位，每平方英尺每天多少加侖（GFD）。MBR運(yùn)行通量在10~150LMH，很大程度上依賴于膜分離過程的配置和原水水質(zhì)。

膜的通量直接和跨膜壓差（或TMP）有關(guān)，它由膜及其相鄰的界面區(qū)域（污染層）產(chǎn)生。膜通量與跨膜壓差的比稱作透水率，一般采用方便的單位是：LMH/bar。在美國，透水率通常被稱為“實(shí)際通量”， 英制單位是GFD/psi。

傳統(tǒng)壓力驅(qū)動型膜工藝在過濾液體時可以采用兩種模式中的一種：如果無濃縮液連續(xù)不斷地從膜組件出口流出的模式稱為“死端過濾”或“全流過濾”；如果濃縮液連續(xù)不斷地從膜組件出口流出的模式稱為錯流過濾。

以錯流模式運(yùn)行時，流過膜面的單通道進(jìn)水只有一部分轉(zhuǎn)化為透過液，這一參數(shù)稱為“轉(zhuǎn)化率”或“回收率”，如果將透過液用于維持工藝運(yùn)行（通常是膜清洗），回收率會進(jìn)一步降低。

過濾總會導(dǎo)致濾膜阻力增加，死端過濾工藝中濾阻隨膜表面濾餅厚度的增加而增加，因此可以粗略地認(rèn)為濾阻與透過液總體積成正比。透水率的迅速下降要求定期進(jìn)行膜清洗，其下降速率與進(jìn)水中的固體物濃度和膜通量成正比。

在錯流工藝中，污染物在膜表面的沉積是持續(xù)進(jìn)行的，直到將濾餅結(jié)合到膜表面的粘附力與液流通過膜表面時產(chǎn)生的沖刷力達(dá)到平衡為止。這就導(dǎo)致其透水率降幅比死端過濾要低很多。

膜清洗可以采用物理和化學(xué)方法，在MBR的運(yùn)行和維護(hù)中都有用到。物理清洗通常是通過反沖洗，如液流反方向流過膜，或膜松弛，氣水聯(lián)合反沖洗可以強(qiáng)化反沖洗效果，或錯流過濾（對測流式的），這兩種技術(shù)可結(jié)合使用，同時用空氣不斷沖刷濾膜。

化學(xué)清洗通常采用次氯酸鈉、氧化劑、無機(jī)或有機(jī)酸（最常見的是檸檬酸）。清洗過程可不把膜從池子或架子上移出（就地清洗或在線清洗）。如果化學(xué)清洗劑加入到反沖洗水中進(jìn)行“化學(xué)強(qiáng)化反沖洗”（CEB）,每周、每月一次的化學(xué)強(qiáng)化反沖洗用于iHF MBR，作為維護(hù)性清洗。

物理清洗可去除附著在膜表面的粗大固體物質(zhì)，常稱為“可逆性”或暫時性“污染，但化學(xué)清洗可去除粘附性更強(qiáng)的常稱為“不可逆”或“持久性”污染大的物質(zhì)。

物理清洗比化學(xué)清洗簡單和更快，無需化學(xué)試劑，不會產(chǎn)生化學(xué)廢物，濾膜出現(xiàn)化學(xué)降解的可能性更小，但它的效果也有限，使得化學(xué)清洗還是需要的。在正常運(yùn)行條件下，膜一旦被污染，其透水率就不可能完全恢復(fù)到初始狀態(tài)，膜表面總會殘留一些物質(zhì)，可定義為“不可恢復(fù)性污染”，正是這種污染的長期積累最終決定了膜的使用壽命。

采用專門用于回收透水率的化學(xué)清洗比維護(hù)性清洗需要更高的藥劑濃度和較長的停留時間，這樣的恢復(fù)性清洗并不總是有效，通常是因?yàn)槟ひ呀?jīng)被污泥固體物堵塞（這種現(xiàn)象通常被稱為“淤塞”）

在市政污水處理中，膜有時變成了“抹布”或“辮子“，這都是進(jìn)水中聚集起來的絲狀物（特別是紡織纖維，如棉花）堵塞。這通常被稱為“抹布”或“辮子”。市政MBR工程中，需要人工不定期的清除這些淤泥和絲狀物。