自成立以來，實驗室在1996年、2001年、2006年的全國性評估中連續(xù)三次被評為優(yōu)秀類國家重點實驗室，2011年則成為連續(xù)三次評估優(yōu)秀后免除評估的優(yōu)秀類國家重點實驗室。2016年評為良好實驗室。1999年，在中國科學院啟動知識創(chuàng)新工程之初，實驗室就整體進入了中國科學院知識創(chuàng)新工程。實驗室于2004年和2011年還分別獲得“國家重點實驗室計劃先進集體”和“‘十一五’國家科技計劃執(zhí)行優(yōu)秀團隊獎”的榮譽。2015年5月，實驗室的依托單位納入“生態(tài)文明建設”服務領域特色研究所建設。

經過近30多年的發(fā)展，實驗室培養(yǎng)和引進了一批優(yōu)秀科技人才，形成了一支專業(yè)和年齡結構以及學術層次合理的研究隊伍。實驗室現有固定人員72人，其中中國科學院院士2人，研究員48人。實驗室設有生物學、水產、環(huán)境科學與工程3個專業(yè)的碩士點、博士點，設有生物學、環(huán)境科學與工程2個博士后流動站。每年在讀研究生100多人，客座研究人員10余人。

實驗室于2008年5月起獲得國家重點實驗室專項經費的穩(wěn)定支持。目前，實驗室成員承擔多項國家重大項目的研究任務，包括國家重點研發(fā)計劃、國家自然科學基金、以及省部級科研項目和國際合作與交流項目等。自成立以來，實驗室已獲得10余項國家級成果獎勵，近20項省部級獎勵，授權專利近百項。每年發(fā)表論文200余篇。近年來，在國際刊物上發(fā)表論文的數量呈現穩(wěn)定增長的態(tài)勢，高水平研究論文的數量也不斷增長。

坐落在美麗的東湖之濱，實驗室現有用房總面積11350平方米，擁有儀器設備93臺（套），包括：自動激光片層掃描顯微系統(tǒng)、小動物活體microCT影像系統(tǒng)、單細胞蛋白質表達定量分析系統(tǒng)、基質輔助激光解吸電離飛行時間串聯質譜儀、電感耦合等離子體質譜儀、GeXP多重基因表達遺傳分析系統(tǒng)、聲學多普勒流速剖面儀、蛋白測序儀、激光共聚焦顯微鏡、全自動微生物基因指紋鑒定系統(tǒng)、貼壁細胞顯微操作系統(tǒng)、流式細胞儀、多功能酶標儀/微孔板檢測儀、浮游植物分析儀、生物分子相互作用分析儀、生化樣品定量掃描系統(tǒng)等。實驗室儀器設備實現了互聯網預約共享使用，是“中國科學院大型儀器網絡共享平臺”的組成部分。

實驗室長期致力于開拓國內外學術交流，積極開展國際合作。已與美、英、日、法、德、俄羅斯、以色列等多個國家/地區(qū)的大學和科研機構開展合作研究。每年有30余人次出國訪問、講學，或進修和從事合作研究，接待40余人次境內外學者來實驗室講學或從事合作研究。

“開放、流動、聯合、競爭”是實驗室遵守的運行機制。依托中國科學院水生生物研究所，“面向國家戰(zhàn)略需求，面向世界科學前沿”，為實現社會經濟的可持續(xù)發(fā)展，實驗室的目標定位是不斷深入揭示淡水生態(tài)系統(tǒng)的生命活動規(guī)律，探討淡水及其生物資源利用的生物學原理和生物技術，發(fā)展與漁業(yè)和環(huán)境相關的基礎與應用研究，成為具有中國特色的、在國際學術界有重要地位的淡水生態(tài)與生物技術的創(chuàng)新研究基地和科技人才培養(yǎng)基地。