作為具有熱帶亞熱帶區(qū)域特色與優(yōu)勢的微生物學(xué)專業(yè)科研機構(gòu)，廣東省科學(xué)院微生物研究所面向國家和廣東省社會經(jīng)濟發(fā)展對微生物學(xué)的重大需求，長期重點致力于具有熱帶亞熱帶特色的微生物資源、微生物與生態(tài)環(huán)境、食品安全及健康等相關(guān)基礎(chǔ)、應(yīng)用基礎(chǔ)及公益性研究，開展為支撐生物技術(shù)相關(guān)行業(yè)可持續(xù)發(fā)展的共性關(guān)鍵技術(shù)研究及儲備性前沿技術(shù)探索;形成了資源微生物學(xué)、環(huán)境微生物學(xué)、分析微生物學(xué)和霉腐微生物學(xué)等四大國內(nèi)優(yōu)勢學(xué)科，具備碩、博士研究生培養(yǎng)能力，擁有博士后科研工作站。依托研究所建成了華南應(yīng)用微生物國家重點實驗室、國家專利菌種保藏機構(gòu)—廣東省微生物菌種保藏中心、國家廣州化學(xué)品生態(tài)環(huán)境安全評價服務(wù)中心、國家生物產(chǎn)業(yè)基地公共實驗中心、廣東省菌種保藏與應(yīng)用重點實驗室、廣東省微生物安全與健康重點實驗室、廣東省微生物應(yīng)用新技術(shù)公共實驗室、廣東省微生物芯片工程技術(shù)研究中心、廣東省環(huán)境微生物工程技術(shù)研究中心、廣東省抗微生物材料與抗菌檢測工程技術(shù)研究中心、廣東省微生物資源工程技術(shù)研究中心、廣東省飲用水安全應(yīng)急技術(shù)研究中心以及華南地區(qū)最大(全國第二大)的大型真菌標本館等一大批國家和省部級科技創(chuàng)新平臺。目前，研究所是國家微生物種業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)創(chuàng)新戰(zhàn)略聯(lián)盟理事長單位、中國食品科學(xué)技術(shù)學(xué)會副理事長單位、中國食用菌協(xié)會副會長單位，是廣東省微生物學(xué)會、廣東省食用菌行業(yè)協(xié)會、廣東省生物技術(shù)生產(chǎn)力促進中心的掛靠單位。

　　建所五十多年來，研究所在科技創(chuàng)新、行業(yè)共性關(guān)鍵技術(shù)與科技服務(wù)，以及科技成果轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化等方面取得了顯著成績。在科技創(chuàng)新方面，先后承擔(dān)了國家重點研發(fā)計劃、國家“973”計劃、國家“863”計劃、國家重大科技攻關(guān)、國家科技支撐、國家基金重點項目、國家基金重大研究計劃、國家生物高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)化示范工程、國際合作、廣東省基礎(chǔ)與應(yīng)用基礎(chǔ)重大專項、省重點領(lǐng)域研發(fā)計劃、省重大重點科技攻關(guān)、省應(yīng)用型科技研發(fā)專項以及科技援藏等國家和省部級科技項目。共取得科技創(chuàng)新成果157項，其中國際先進、領(lǐng)先水平的81項;獲得國家及省部級成果獎118項，其中國家級成果獎8項、省部級一等獎19項;共申請專利840件，授權(quán)專利343件，其中發(fā)明專利320件。2010年被認定為“廣東省知識產(chǎn)權(quán)示范事業(yè)單位”和“全國企事業(yè)知識產(chǎn)權(quán)試點單位”，2020年通過科研機構(gòu)知識產(chǎn)權(quán)管理體系認證;主持和參與國家、行業(yè)、地方和團體標準的制修訂工作152個，其中國家標準項目76個;在國內(nèi)外核心學(xué)術(shù)刊物發(fā)表論文2700多篇，出版科技專著46部。獲“十一·五”國家科技計劃執(zhí)行優(yōu)秀團隊獎。

　　依托研究所建設(shè)的廣東省菌種保藏與應(yīng)用重點實驗室成立于1987年，于2000年、2003年、2006年和2010年連續(xù)四次被評為廣東省優(yōu)秀重點實驗室;廣東省微生物安全與健康重點實驗室于2020年獲批組建。華南應(yīng)用微生物國家重點實驗室成立于2009年，2013年通過科技部論證(其中2009-2013年為培育期)，主要研究方向為“熱帶亞熱帶微生物資源多樣性與利用、環(huán)境微生物與區(qū)域生態(tài)安全、有害微生物監(jiān)測與防控”。目前實驗室擁有實驗面積11000平方米，包括公共實驗室、大型儀器室、菌種保藏庫、華南微生物資源中心(含標本庫)、環(huán)境微生物實驗室、微生物檢測與控制實驗室、霉腐微生物實驗室、食藥用菌生理功能及分子機理實驗室、工業(yè)化前期實驗室及動物實驗技術(shù)公共服務(wù)平臺等;擁有10萬元以上各類儀器設(shè)備261臺套，原值1.17億元，其中30萬元以上設(shè)備127臺套，原值9176萬元，包括液相色譜-超高分辨蛋白鑒定質(zhì)譜聯(lián)用系統(tǒng)(Thermo QE Plus)、液相色譜串聯(lián)四極桿高分辨質(zhì)譜聯(lián)用儀(Thermo QE Fucus)、高通量基因測序儀(Illumina Nextseq 550、Illumina Miseq等)、細胞能量代謝分析儀、流式細胞儀、透射電子顯微鏡、掃描電子顯微鏡、激光共聚焦顯微鏡、原子力顯微鏡、分子相互作用儀、數(shù)字PCR系統(tǒng)、微生物電解呼吸儀、氣相色譜儀、電感耦合等離子體質(zhì)譜儀、高速冷凍離心機、全自動微生物鑒定系統(tǒng)等，整體儀器設(shè)備達到國際先進水平，以上實驗室及設(shè)備完全具備基因組學(xué)、蛋白組學(xué)、代謝組學(xué)及轉(zhuǎn)錄組學(xué)等多組學(xué)的研究能力。